ความสงบสุขอาจกลับคืนสู่ Hoenn หลังจากแผนการชั่วร้ายของ Team Aqua, Team Magma และ Guile Hideout ในภายหลังถูกพัก อย่างไรก็ตามเมื่อวิกฤตครั้งใหม่ใกล้เข้ามาสตีฟสโตนก็ไม่มีทางเลือกอื่นนอกจากขอความช่วยเหลือจากทับทิมไพลินและมรกตอีกครั้ง อะไรทำให้ผู้ฝึกสอนรุ่นเยาว์จำเป็นต้องสัมผัสกับพลังลึกลับของ Mega Evolution? วิกฤตในลักษณะใดเกี่ยวข้องกับสัญลักษณ์ 'โอเมก้า' และ 'อัลฟ่า' ที่แปลกประหลาดบนภาพวาดฝาผนังของ Groudon และ Kyogre ในถ้ำหินแกรนิตหรือไม่? โจเซฟสโตนพ่อของสตีเวนและประธาน บริษัท Devon Corporation อาจมีความสำคัญบางอย่างเมื่อเขาเห็นสัญลักษณ์ 'เดลต้า' ที่ไม่เด่นบนภาพวาด ...
